大剂量药物均具有一定的毒性，如应用不当，则容易发生不良反应。因此孕妇用药更应谨慎。
早孕期胎儿正在发育中，各器官尚未发育健全，功能尚未建立或完善，不能很好地对药物进行分解、代谢，因此容易在体内大量蓄积，致药物中毒，甚至影响器官的发育，有导致畸形的危险，如：“反应停”可使胎儿发生短肢畸形和外耳缺损，脑神经麻痹等。
妊娠中期各内脏系统虽已基本形成，但对某些药物的解毒功能依然不足。
妊娠晚期因为胎盘变薄利于药物的转输，如孕妇用磺胺类药物，可在胎儿体内积蓄，加重新生儿黄疸。
虽然为了预防和减少药物对胎儿的不良影响，孕期用药应慎重。但为了治疗，合理用药是必要的。应根据病情，按照医生嘱咐，用药恰当，有利于母胎健康。如果需要而拒不服药，则疾病发展会对母体和胎儿带来不利影响，甚至造成危害。用药原则是：正确处理疾病及用药，力争治好病又不影响胎儿。
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