口腔溃疡可由全身或局部因素引起，各种溃疡虽有上皮内或上皮下，浅层或深层，急性或慢性，良性与恶性之分，但都有凹陷性；外形规则，呈圆或椭圆形；边界分明，与周围正常粘膜“经纬分明”。
而口腔糜烂，临床表现为与正常粘膜表面齐平的充血和糜烂，并无凹陷，上覆渗出性假膜，形状多样，并不规则，与周围正常粘膜间界限不清。其次，两者的病程和预后不一样。溃疡一般病程较短，一旦愈合，就“干脆利落”，浅在的和良性的溃疡愈合后都无瘢痕，但深及肌层的溃疡和恶性口腔溃疡例外。
糜烂一般病程较长，反复迁延，而且愈合过程“拖泥带水”，但糜烂一般不留瘢痕。最后两者在显微镜下的表现不一样。溃疡表现为上皮连续性有中断，糜烂比较浅表而无上皮连续性的中断。当溃疡和糜烂不太典型时，鉴别就会有难度，但只要细心观察，一般来说还是可以区别的。
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