儿童尖锐湿疣的症状主要发生部位在外阴、尿道口、阴道口、包皮以及肛周。国外报道男性儿童尖锐湿疣发病部位以肛周最为常见。
此外，儿童尖锐湿疣还多见于咽喉部及口腔等部位，特别是在3岁以下婴幼儿的尖锐湿疣几乎都发生在咽喉部。国内所报道的47例儿童尖锐湿疣中发生在咽喉部的有11例，主要发生在声带、声门、喉室等处。尖锐湿疣发生的其他部位有牙龈、舌系带、上唇、舌腭弓以及大小阴唇、尿道口、包皮、会阴。除上述部位外，据报道有的儿童尖锐湿疣还见于脐部、臀部、腹股沟、大腿、颈部、耳及手足等部位。
儿童尖锐湿疣损害特征与成年人相同。但儿童尖锐湿疣其他症状较成年人可能更为明显，且容易继发细菌等感染。若尖锐湿疣发生在咽喉部可导致严重的症状如呼吸困难、声嘶等症状。
儿童尖锐湿疣临床表现与成年人尖锐湿疣之临床表现无太大区别。儿童尖锐湿疣潜伏期从几周到几年都有，大多数仍在3个月之间。有资料显示尖锐湿疣患儿年龄越小，其以后携带HPV的时间（无论有无症状）相对越长。
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