手足口病传染源人是本病的传染源，手足口病患者、隐性感染者和无症状带毒者为手足口病流行的主要传染源。流行期间，手足口病患者是主要传染源。在急性期，病人粪便排毒3—5周，咽部排毒1—2周。健康带毒者和轻型散发病例是手足口病流行间歇和手足口病流行期的主要传染源。
传播途径主要是通过人群间的密切接触进行传播的。患者咽喉分泌物及唾液中的病毒,可通过空气飞沫传播。唾液、疱疹液、粪便污染的手、毛巾、手绢、牙杯、玩具、食具、奶具以及床上用品、内衣等，通过日常接触传播，亦可经口传播。
与患者同一室最易感染。接触被病毒污染的水源，也可经口感染，并常造成流行。门诊交叉感染和口腔器械消毒不严也可造成传播。
易感人群人对CoxAl6及EV71型肠道病毒普遍易感，受感后可获得免疫力，手足口病的患者主要为学龄前儿童，尤以≤3岁年龄组发病率最高，4岁以内占发病数85%—95%。
手足口病流行方式本病常呈暴发流行后散在发生，手足口病流行期间，幼儿园和托儿所易发生集体感染。家庭也有此类发病集聚现象。医院门诊的交叉感染和口腔器械消毒不严格，也可造成传播。手足口病传染性强，传播途径复杂，流行强度大，传播快，在短时间内即可造成大流行。
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